創立は、中臣鎌足が東国へきたとき、この亀島に船をよせて太刀をひとふりおさめて旅の安泰を祈ったことが始まりであると伝えられ、鎮祭は、天智天皇の4年(665)と伝えられる区内で最も古い神社です。
また、平将門の乱のとき、俵藤太秀郷が当社に戦勝を祈り、祈願成就の後、弓矢を奉納し、以後武運長久を祈ることが多くなったといわれる。この古事に因む祭「勝矢祭」が、毎年5月5日に行われています。
御祭神の経津主神は、日本の武将の祖神だが、現在では、スポーツの神として知られている。
恵比寿神と大国神は、本殿に向かって右側に祀られています。大国神とは、いわゆる大黒様のことです。境内には、亀戸の地名の由来となった亀が井が復元され、恵比寿神と大国様の石像が祀られているので、井戸の水をかけてお参りするといいそうです。
境内には、大きな亀戸大根の碑も立っている。亀戸大根とは、根が30cm程度と短く、わずか200g足らずで、日本一小さい大根らしいが、今では幻の大根となってしまった。